Фамилия Макогонюк начинается с прозвища Макогон, которое на Украине давали по ремеслу или по предмету труда. Макогон — это деревянная закруглённая палка, которой толкли семена льна, растирали мак, творог или масло. Считалось, что при перетирании мака в макогоне он сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании. Поэтому прозвище могло закрепиться за тем, кто давил маковое масло, либо за мастером, делавшим такие палки.

Модель образования фамилии — суффикс -юк, типичный для украинской ономастики. В западных и центральных областях Украины -юк часто заменяет великорусское -ов или -ин и указывает на прямого потомка: «сын Макогона». Встречается и параллельная форма Макогоненко, но Макогонюк звучит компактнее и старше по типу.

Географически фамилия привязана к Правобережной Украине, особенно к Черкасской, Винницкой и Киевской областям. В России она редка и почти не встречается за пределами переселенческих общин XIX века.

Вероятная социальная среда предков — крестьянская или казацкая среда, где ручной труд по переработке мака и льна был повседневным занятием. Прозвище Макогон со временем полностью вытеснило наследственное имя в быту и документах, а потомки закрепили его как фамилию.

Макогонюк — пример того, как обычный кухонный инструмент стал основой для родового имени, и в этом её отличие от более абстрактных фамилий, образованных от личных имён.