Фамилия Макогончук говорит о ремесленных корнях своего первого носителя. В её основе лежит украинское слово «макогон» — так называют деревянную палку с закруглённым концом, которой толкли семена льна, растирали мак, творог или масло. Считалось, что при перетирании мака в макогоне он дольше сохраняет аромат, чем при перемалывании. Прозвище Макогон давали человеку по профессии: он мог выжимать маковое масло, делать сами макогоны или работать поваром. Со временем прозвище закрепилось как наследственное имя и полностью заменило прежнее родовое — и в быту, и в документах.

Суффикс -чук в фамилии Макогончук — типичный для украинской ономастики патронимический показатель. Он означает «сын» или «потомок», то есть Макогончук буквально понимали как «сын Макогона». Такая модель образования фамилий особенно распространена в центральных и западных областях Украины, где суффикс -ук/-юк, -чук встречается повсеместно. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -чук не указывают на сословную принадлежность — их носили и крестьяне, и казаки, и мещане.

Фамилия Макогончук почти не встречается за пределами Украины. По данным современных переписей, основная масса носителей сосредоточена в Винницкой, Хмельницкой и Житомирской областях, что подтверждает её западноукраинское происхождение. В России или Беларуси фамилия редка, и её появление там, скорее всего, связано с миграциями XX века.

Однокоренные фамилии — Макогон, Макогоненко, Макогонов — отличаются только способом оформления патронима. Макогон — самая старая форма, сохранившая исходное прозвище без изменений. Макогоненко характерен для востока Украины, где преобладает суффикс -енко. Макогонов — результат русификации фамилии при переносе в русскую среду.