Фамилия Макогонов — один из тех случаев, когда за основу взято не имя, а предмет, точнее, орудие труда. Макогон — это деревянная закруглённая палка, которой на Украине толкли в ступе мак, семена льна, творог и масло. Считалось, что при таком способе перетирания мак сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании на жерновах. Прозвище Макогон, скорее всего, дали человеку, который этим и занимался: выжимал маковое масло, растирал продукты или, что тоже вероятно, изготавливал сами макогоны. Это «профессиональное» именование, то есть фамилия прямо указывает на род занятий предка.

Форма на -ов — стандартная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ: Макогон → Макогонов, то есть «сын Макогона». Если бы фамилия сложилась на Украине, она, скорее всего, осталась бы без суффикса — просто Макогон. А вот с суффиксом -ов она указывает на то, что носители фамилии оказались под влиянием великорусской традиции оформления фамилий, возможно, при переселении или при записи в официальные документы.

Известный носитель — Михаил Андреевич Макогонов (1900–1943), советский шахматист, мастер спорта СССР. Он был сильным практиком и теоретиком, участвовал в чемпионатах страны, а его именем даже назван дебютный вариант — «защита Макогонова». Это редкий случай, когда фамилия, казалось бы, крестьянского происхождения, закрепилась в интеллектуальной среде.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии сложно: процесс формирования шёл не в одной местности и растянулся на столетия. Но сама основа — макогон — прочно связывает её с территорией Малороссии и южнорусских областей, где эта утварь была в ходу.