Фамилия Макагоновы — один из тех редких случаев, когда прозвище прямо указывает на конкретное ремесло. В основе лежит украинское или южнорусское слово «макогон» — так называли пест для растирания мака в макитре. Однако прозвище Макагон получил не тот, кто делал песты, а тот, кто «гнал мак», то есть выжимал из маковых семян масло. Это был трудоемкий процесс: мак толкли в ступе, а затем под прессом получали ценное постное масло, широко использовавшееся в кулинарии и для лампад.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для восточнославянских фамилий: прозвище Макагон + патронимический суффикс -ов, который буквально означает «сын Макагона». Важно, что ударение в фамилии падает на третий слог — Макаго́новы (на «о»), что сохраняет акцент исходного прозвища. Встречающийся иногда вариант Макагонов с ударением на «а» — результат поздней адаптации в литературном произношении.

Фамилия бытует преимущественно в южных регионах России и на востоке Украины, что совпадает с историческими зонами выращивания мака. В переписных книгах XVII–XVIII веков мастера-маслобойщики часто записывались по занятию, но прозвище Макагон закрепилось не за каждым, кто давил масло, а скорее за тем, кто делал это на продажу, имел свою «маслобойню». В отличие от фамилий, образованных от крестильных имен (Иванов, Петров), Макагоновы несут память о профессии, которая к концу XIX века почти исчезла с приходом заводского производства растительных масел.

Фамилия не принадлежала дворянству — её носители были в основном крестьянами и мещанами Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. В списках казачьих полков Запорожской Сечи тоже встречаются Макагоны, что неудивительно: среди запорожцев было много выходцев из макоторговых районов. О точной дате возникновения фамилии говорить сложно — процесс её закрепления в крестьянской среде завершился лишь к середине XIX века, когда отмена крепостного права потребовала массовой паспортизации.