Фамилия Макагон — одно из тех прозвищ, которые прямо указывают на ремесло предка. В основе лежит украинское или южнорусское слово «макогон» — так называли пест или приспособление для растирания мака в макитре. Но если орудие труда — макогон, то человека, который им работал, то есть выжимал маковое масло, в народе прозвали Макагоном. Это типичное профессиональное именование, каких много среди старых славянских фамилий: человек получал прозвище по тому, чем зарабатывал на хлеб.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа «мак» плюс глагольная часть «-гон» (от «гнать» в значении «выжимать, давить»). Получается «тот, кто гонит мак». Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища без патронимического окончания (-ов, -ин). Это характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии нередко оставались в исходной форме.

Встречается Макагон преимущественно на Украине и в южных областях России. Подтверждение тому — запись в Книге памяти Иркутской области: рабочий Бирюсинского лесозавода Макагон Дмитрий Илларионович, родившийся в 1907 году в деревне Белаковка Бершадского района Винницкой области. Винничина — исторический регион Правобережной Украины, где мак сеяли и масло из него делали издавна.

Из известных носителей фамилии — российский актёр Александр Сергеевич Макагон, родившийся в 1973 году. В 1990 году он поступил в ГИТИС в мастерскую Алексея Гончарова, а с 1995 года служит в театре имени В. Маяковского. Его дипломной работой стала роль Орландо в спектакле «Как вам это понравится», а в кино он дебютировал в телесериале «Азбука любви» в роли Виктора.

Фамилия нередко встречается в варианте Макогон — с сохранением «о» в корне, как в названии самого инструмента. Оба написания родственны и восходят к одному ремеслу.