Фамилия Макагонова — одна из тех, что прямо указывает на занятие предка. В её основе лежит прозвище Макагон, которое связано с украинским словом «макогон». Так называли деревянную палку с закруглённым концом — ею толкли семена льна, растирали мак, творог и масло. Считалось, что при таком способе мак сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании на жерновах. От орудия труда прозвище перешло на человека: Макогоном могли назвать того, кто выжимал маковое масло или сам делал такие приспособления.

Разница в написании — Макагон вместо Макогон — объясняется историческими процессами в языке, когда гласные о и а в безударной позиции могли меняться. Со временем прозвище закрепилось как родовое имя, и потомки Макагона получили фамилию с типичным русским суффиксом -ов, а в женском роде — Макагонова.

Фамилия встречается в документах не только как прозвище, но и в официальных записях. В Книге памяти Астраханской области упомянуты Гавриил Васильевич Макагонов (родился в 1912 году в селе Вольное Харабалинского района) и Григорий Алексеевич Макагонов (1920 года рождения, оттуда же). Среди известных носителей — российский футболист Михаил Александрович Макагонов, защитник пермского «Амкара». Так что за фамилией стоит не просто ремесло, а живая история конкретных людей.