Фамилия Макогонов образована от прозвища Макогон. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «деревянная закруглённая внизу палка, которой на Украине толкут семена льна, растирают мак, творог, масло и т. п.» Считается, что при перетирании мака в макогоне он сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании. Очевидно, прозвище Макогон относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься выжимкой макового масла, изготовлением макогонов или быть поваром. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Макогон, со временем получил фамилию Макогонов. Известным представителем фамилии является Михаил Андреевич Макогонов (1900-1943) – советский шахматист, мастер спорта СССР.