Фамилия Макогонов происходит от прозвища Макогон, которое, в свою очередь, ведет начало от названия деревянного предмета кухонной утвари. На Украине макогоном называли закруглённую внизу палку, которой толкли семена льна, растирали мак, творог или масло. Считалось, что при перетирании мака в макогоне он сохраняет аромат лучше, чем при перемалывании на жерновах. В основе прозвища — не столько сам инструмент, сколько занятие человека, который им пользовался. Поэтому Макогон — типичное «профессиональное» именование: предок мог быть поваром, изготовителем макогонов или заниматься выжимкой макового масла.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: к основе Макогон добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («сын Макогона»). Это одна из самых распространённых моделей для восточнославянских фамилий, что говорит о её позднем оформлении, когда фамилии уже массово закреплялись в документах.

Интересно, что украинская лексическая основа (макогон) нередко встречается и в других фамилиях — например, Макогон (без суффикса) или Макагон. Форма Макогонов характерна для регионов, где украинские прозвища попадали под влияние русской делопроизводственной традиции и получали типовое окончание.

Среди известных носителей — Михаил Андреевич Макогонов (1900–1943), советский шахматист, мастер спорта СССР. Его имя сохранилось в истории шахмат: например, существует «вариант Макогонова» в ферзевом гамбите. В целом фамилия редкая, и её носители, как правило, сосредоточены в южнорусских и украинских областях, что подтверждает её диалектное происхождение.