Фамилия Макогоненков — один из тех случаев, когда форма явно указывает на географию и род занятий, но детали приходится восстанавливать по крупицам. В основе лежит слово «макогон» — так в южных и западных областях России, а также на Украине называли деревянный пест или большой тяжелый молот, которым в ступе толкли мак, просо, соль. Человек, постоянно делавший эту работу, мог получить прозвище Макогон. От него и образована фамилия.

Редкий суффикс -енков указывает на «восточную» ветвь происхождения. Если бы предок жил на западе или юге, фамилия скорее звучала бы как Макогоненко (украинская модель) или Макогонов (чисто русская). Суффикс -енков типичен для фамилий, возникших в рязанских, тамбовских, воронежских, курских землях, где смешались русские говоры и украинское влияние. Он означает «сын Макогона» или «потомок Макогоненка» — то есть сначала существовало отчество Макогоненок, которое затем закрепилось как фамилия.

Прозвище Макогон могло быть не только профессиональным. В диалектах словом «макогон» иногда называли человека грубого, упрямого или тяжелого на подъем — по ассоциации с тяжелым пестом. Однако прямая связь с ремеслом вероятнее: в крестьянском быту приготовление мака было делом трудоемким, и тот, кто владел макогоном, часто выделялся физической силой и выносливостью. В некоторых регионах «макогонить» означало «толочь, разбивать», так что прозвище могло перейти на любого работника, занятого дроблением зерна или соли.

В письменных источниках фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Она почти не выходила за пределы черноземной полосы и не попала в дворянские родословные. Носители Макогоненков — потомки сельских ремесленников или крестьян, которые либо сами толкли мак, либо держали ступу на продажу. По сути, это одна из тех фамилий, которые без лишних слов рассказывают о повседневном труде предков, не оставивших после себя метрик и грамот, но оставивших в языке своё дело.