Фамилия Магагин — довольно редкая, и её происхождение уходит корнями в прозвища, связанные с языками народов Кавказа или тюркским миром. В основе фамилии лежит слово «мага» или «магъа», которое в ряде тюркских и кавказских языков имеет значение «господин», «хозяин», «повелитель» или «сильный». Вполне вероятно, что прозвище Магага — а именно так могло звучать личное имя или уличное прозвище — давали человеку властному, уважаемому или обладающему физической силой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Магагин — это «сын Магаги» или «человек из рода Магаги». Такая модель образования типична для русских фамилий, но основа явно не славянская, что говорит о смешанных этнических корнях носителей.

Стоит рассмотреть и другую версию, связанную с географией. В адыгских (черкесских) языках есть слово «магъэ» — «кузнец». Кузнечное ремесло на Кавказе всегда было в почёте, и прозвище Мага могло закрепиться за человеком этой профессии. Тогда Магагин — потомок кузнеца. Эта гипотеза менее распространена, но имеет право на существование, учитывая, что многие русские фамилии на -ин образованы от тюркских и кавказских корней, обозначающих ремесло.

Фамилия Магагин — не дворянская и не крестьянская в классическом понимании, а скорее «служилая» или «казачья». В документах XIX века она встречается среди терских и кубанских казаков, а также в среде крещёных горцев, которые переходили на русскую службу. Это объясняет, почему фамилия редка в центральной России, но встречается в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии и Ростовской области.

Ударение в фамилии, судя по живой речи носителей, чаще падает на второй слог: Мага́гин. Встречается и вариант с ударением на последний слог — Магаги́н, но он менее характерен. Сравните с однокоренными фамилиями: Магаев, Магомедов — здесь тот же корень, но с разными суффиксами. Магагин стоит особняком из-за редкого суффиксального оформления, что и делает фамилию уникальной.

Если коротко: предки носителя фамилии Магагин с высокой вероятностью жили на Северном Кавказе, были либо уважаемыми людьми (от «мага» — господин), либо кузнецами. Смешение тюркской или кавказской основы с русским патронимическим суффиксом — характерная черта фамилий, возникших на границе культур.