Фамилия Магарин — не самая частая, и её происхождение нельзя свести к одному очевидному корню. Скорее всего, перед нами прозвищное имя, образованное от основы «магар» с помощью патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность («сын Магара» или «из семьи Магара»). Что же могло значить это прозвище?

Самая вероятная версия отсылает к тюркскому слову «магар» (или «магара») — в ряде тюркских языков так называли торговца, менялу, а также человека, дающего деньги в рост или занимающегося обменом товаров. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, слово «магарыч» означало угощение или выпивку при заключении сделки. Прозвище Магара могли дать либо прижимистому, тороватому торговцу, либо, наоборот, любителю выпить на чужой счет.

Вторая версия — топонимическая. В Чечне и Дагестане есть несколько сел с названием Магары (например, в Шатойском районе Чечни). Житель такого села мог получить прозвище Магаринец, которое при переходе в фамилию сократилось до Магарин. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается не только в центральной России, но и на Северном Кавказе, а также в казачьих областях.

Менее убедительна, но возможна связь с греческим именем Макарий (счастливый) через его народную форму Магарий. В русских говорах имя Макарий нередко упрощали до Макар, а форма Магарий могла появиться в южнорусских или украинских диалектах с характерным «г» вместо «к».

Фамилия Магарин распространена в Ростовской и Волгоградской областях, в Краснодарском крае, а также в Чечне. Это указывает на две волны её появления: одна — с торговыми людьми и переселенцами из южнорусских губерний, другая — с горцами, переезжавшими в равнинные города. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами, казаками или мещанами.