Фамилия Магазин — один из тех редких случаев, когда русское слово, знакомое каждому, стало основой для фамилии, но не в прямом, бытовом смысле. Вопреки первому впечатлению, предок носителя этой фамилии вряд ли владел лавкой или торговал. В русской ономастике прозвища по названиям заведений («Лавка», «Трактир») встречаются, но крайне редко, и обычно они указывают не на владельца, а на человека, который там часто бывал или работал. Однако для фамилии Магазин есть более правдоподобное объяснение.

Скорее всего, перед нами искусственная или семинарская фамилия. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии по латинским или греческим корням, по названиям церковных праздников, а иногда и по просторечным словам, переосмысленным на церковный лад. Слово «магазин» в ту эпоху имело и другое значение — так называли склад, амбар, кладовую. В семинарской среде фамилия могла быть образована от латинского «macellum» (рынок, съестной ряд) или греческого «μαγαζί» (лавка), но скорее всего её дали как «говорящую» — сыну эконома или казначея, ведавшего запасами, либо просто как благозвучную, книжную.

Вторая версия, более прозаичная, отсылает к южным и западным говорам. В украинском, белорусском и польском языках слово «магазин» (magazyn) означало именно склад, хранилище, и фамилия могла закрепиться за приказчиком или кладовщиком. В этом случае модель образования проста: основа «магазин» + нулевой суффикс, то есть фамилия дана без дополнительного оформления, как прозвище. Географически такие фамилии чаще встречаются на западе России, в бывших польских и малороссийских губерниях.

Суффикса в фамилии Магазин нет — она бессуффиксная, что для русских фамилий редкость. Обычно русские фамилии оформляются суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский. Здесь же мы видим чистую основу, что сближает её с фамилиями-прозвищами вроде Сорока, Мороз, Шуба. Это говорит о том, что фамилия могла закрепиться в среде, где патронимическая модель (Иванов, Петров) не была обязательной, например, у казаков, однодворцев или в западнорусском регионе.

Однокоренных фамилий мало: Магазинов — уже с русским суффиксом, Магазинщиков — от слова «магазинщик» (владелец или работник магазина). Но именно форма Магазин самая старая и редкая. Носители этой фамилии — потомки либо семинариста, получившего книжное прозвище, либо человека, служившего на складе. Точных данных о сословной принадлежности нет, но в XIX веке фамилия фиксируется в мещанских и купеческих семьях центральной России, что подтверждает обе версии.