Фамилия Магазов, скорее всего, образована от арабского мужского имени Магаз. В переводе на русский язык оно означает «пристанище, кров». В переносном смысле так могли назвать ребенка, который ищет покровительства или пристанища. Эта версия — основная, и она объясняет, почему фамилия встречается у народов, исповедующих ислам, в том числе у татар и башкир.

Есть и вторая гипотеза, которая отталкивается от башкирского языка и топонимов. Несколько географических объектов в России носят название Магазы — поселок в Ярославской области и река в Сибири. Сторонники этой версии разбивают слово на части: «ма» — от «май» (масло) и «газы» — на древнем башкирском «река». Получается «масляная река». Если это так, то основатель рода Магазовых мог жить в поселке Магазы или на берегу одноименной реки и получил прозвище по месту жительства.

Однако топонимическая версия менее убедительна. Она опирается на реконструкцию древнебашкирского слова, которое не зафиксировано в современных словарях, и не объясняет, почему фамилия бытует далеко за пределами Ярославской области и Сибири. Прямое происхождение от личного имени Магаз выглядит логичнее и проще: суффикс -ов указывает на принадлежность («сын Магаза»), и такую фамилию мог получить любой татарин или башкир, чьего отца звали этим именем.