Фамилия Малюгина — это типичная «семейная» фамилия, образованная от личного имени или прозвища Малюга с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Малюги). Основа здесь — корень мал-, один из древнейших в славянской антропонимии, который дал целое гнездо родственных фамилий: Малюков, Малеев, Мальцев, Малюгин.

Самое прямое объяснение фамилии лежит в традиции мирских имён. Малюгой, как и Малюком, Малым или Мальцом, в крестьянской среде называли младшего ребёнка в семье. Это не было прозвищем в сегодняшнем смысле — имя давалось по порядку рождения и не несло оценочного оттенка. В украинских говорах слово «малюк» прямо означает «маленький ребёнок», что подтверждает эту версию. Менее правдоподобно объяснение, связывающее Малюгу с маленьким ростом взрослого человека: такие прозвища тоже существовали (Малой, Малец), но в данном случае форма на -юга скорее указывает на уменьшительно-ласкательное значение, характерное для детских имён.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин в фамилии Малюгина — классический русский патроним, распространённый в центральных и северных областях России. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в зоне великорусского влияния, хотя сама основа могла прийти из южнорусских или украинских говоров.

Известный носитель фамилии — Леонид Антонович Малюгин (1909–1968), драматург, литературный критик и публицист, лауреат Сталинской премии. Его творчество связано с советским театром середины XX века, что добавляет фамилии культурный контекст, но не меняет её народного происхождения.