Фамилия Малюгова происходит от мирского имени Малюга. В основе лежит украинское слово «малюк» — «маленький ребёнок». Такое имя, как и похожие Малюк, Малой, Малец, обычно давали младшему сыну или дочери в семье, и оно закреплялось за человеком как постоянное, без связи с возрастом. Такой способ именования был распространён в крестьянской среде, где внутри семьи детей различали по старшинству.

Менее убедительна версия, что Малюга — прозвище, данное взрослому человеку за малый рост. В пользу «детской» гипотезы говорит и типичный суффикс -уг- (как в словах «матуг», «блатуг»), который в украинских и южнорусских говорах придаёт имени ласкательно-уменьшительный оттенок. Фамилия образована по стандартной модели: к основе Малюг- добавили типичный русский суффикс -ов- (в женском роде -ова), что означает «принадлежащий Малюге» или «из семьи Малюги».

Интересная деталь: фамилия Малюгова, несмотря на украинский корень, чаще встречается в северных и центральных областях России — например, в Вологодской и Костромской губерниях. Это говорит о том, что имя Малюга бытовало шире, чем можно было бы предположить, и не было строго локальным. В современных телефонных справочниках Малюговы — редкая фамилия, но её носители живут по всей стране.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Малюков, Малюгин, Малюшкин) показывает, что все они восходят к тому же корню «мал-», но различаются по суффиксам, которые в разное время и в разных регионах выбирали для образования фамилий. Вариант Малюгова — один из самых типичных и прозрачных по смыслу.