Основой фамилии Малюганова послужило мирское имя Малюган. Мирское имя Малюган образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорождённого. Согласно другой гипотезе, фамилия Малюганова восходит к прозвищу Малюган, которое указывало на особенности внешности человека, а именно на невысокий рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюган, со временем получил фамилию Малюганова.