Фамилия Малюганова — одна из тех, что хранят память о мирском имени или прозвище, данном в обход крестильного. В её основе лежит имя Малюган, которое, скорее всего, образовано от прилагательного «малый». Такие имена были распространены в русских семьях до XVIII века: новорождённого нарекали Малюганом, если он родился крохотным, слабеньким или просто был младшим в семье. Суффикс -уг- (как в словах «малюга», «малюточка») придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок, характерный для народной, нецерковной ономастики.

Есть и вторая версия, связанная уже не с младенческим именем, а с прозвищем взрослого человека. Малюганом могли назвать невысокого ростом мужчину. В этом случае фамилия Малюганова — отчество в форме притяжательного прилагательного: «чей потомок?» — Малюганов. Женская форма на -а появилась как естественное окончание при передаче фамилии по женской линии или в документах, где фиксировалась вдова или дочь Малюганова.

Суффикс -ов в фамилии Малюганова указывает на её происхождение из центральных или северных областей России, где эта модель была господствующей. В южных и восточных регионах чаще встречались бы варианты вроде Малюганенко или Малюгановский. Сама основа — Малюган — довольно редкая. В современных словарях русских фамилий она не упоминается как широко распространённая, что делает фамилию Малюганова ценной для локальной истории: её носители, вероятно, происходят из одного компактного рода, где прозвище закрепилось за целой ветвью.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Малюгин, Малюков, Малюшин — показывает, что все они восходят к тому же корню «мал-», но с разными суффиксами. Вариант с -уган- — один из самых выразительных, он встречается реже остальных и несёт ярко выраженную простонародную окраску. Таким образом, предок носительницы фамилии Малюганова был либо маленьким от рождения, либо человеком невысокого роста, и это качество стало его родовым прозвищем, пережившим века.