Фамилия Малюгановы — редкий случай, когда корень не лежит на поверхности. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа «Малюган». В ней слышится что-то уменьшительное, и это верное направление: Малюган — это диалектная или просторечная форма имени Малюта. А Малюта, в свою очередь, образовано от слова «малый»: так в древнерусских семьях ласково называли младшего сына, младшую дочь или просто невысокого, щуплого человека. Сравните: Малюта Скуратов — исторический персонаж, чьё прозвище как раз и значило «маленький».

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Суффикс -ан (в форме Малюг-ан) в русских фамилиях встречается реже, чем классические -к- или -ш-. Он придаёт основе оттенок просторечия и даже некоторой фамильярности. От имени Малюта сначала возникло прозвище Малюган (человек, связанный с Малютой, либо его потомок), а уже от него — фамилия Малюганов. То есть исходное значение: «сын Малюгана», а в конечном счёте — «внук Малюты».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с основой «Малюта» в Новгородской, Тверской и Вологодской землях. Малюгановы, скорее всего, вышли из той же среды: фамилия недворянская, образована от бытового прозвища, а не от имени святого или географического названия. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «малюгать» — «медлить, копаться». В некоторых говорах так говорили о нерасторопном человеке. Однако эта гипотеза слабее, потому что глагол редкий и не дал устойчивого прозвищного ряда, в отличие от имени Малюта, которое фиксируется в документах повсеместно.

Таким образом, Малюгановы — потомки человека по прозвищу Малюган, которое означало «маленький» или «сын Малюты». Фамилия сохранила память о внешности или возрасте предка, а её необычный суффикс — о живой разговорной речи тех мест, откуда род эта фамилия.