Фамилия Манжакова — это женская форма, мужской вариант — Манжаков. В основе почти наверняка лежит прозвище или имя Манжак. Чтобы понять его происхождение, нужно заглянуть в тюркские языки, что сразу указывает на географию фамилии: скорее всего, её корни на юге России, в Поволжье, на Урале или в Сибири, где русские издавна соседствовали с тюркскими народами.

Слово «манжак» (или «манжык») в ряде тюркских наречий означало «небольшой, низкорослый», «коротышка». Прозвище Манжак могли дать человеку невысокого роста. Есть и более конкретная версия: у башкир и татар «манжак» — это деталь конской сбруи, кисточка или подвеска на уздечке. В таком случае прозвище мог получить либо мастер, делавший такие украшения, либо человек, любивший наряжаться, щеголь. Третья, менее вероятная гипотеза связывает основу с диалектным русским глаголом «манжачить» — делать что-то неспешно, мешкать, но тюркское происхождение выглядит убедительнее: фамилия явно не из центральной России.

Суффикс -ов (в женском роде -ова) — стандартный русский патронимический формант. Он указывает на принадлежность: «сын Манжака» или «дочь Манжака». Фамилия образовалась в среде служилых людей, казачества или крестьянства, которые контактировали с тюркским населением. В документах XVII–XVIII веков на Урале и в Оренбуржье встречаются однокоренные фамилии — Манжосов, Манжуров, что подтверждает активное бытование тюркских основ в русской антропонимии тех мест.

Если сравнивать с другими фамилиями, то Манжакова стоит в одном ряду с такими, как Мансуров, Маннанов — все они восходят к тюркским личным именам или прозвищам. Но в отличие от распространённого Мансурова (от арабского «мансур» — «победоносный»), основа Манжак более бытовая, прозвищная, что делает фамилию менее «книжной» и более связанной с живой речью.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких компактных родов. Сейчас Манжаковы встречаются в Башкортостане, Татарстане, Челябинской и Оренбургской областях. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, но само прозвище, давшее ей начало, могло возникнуть на несколько столетий раньше — в эпоху активного освоения южноуральских и поволжских земель русскими переселенцами.