Фамилия Мараджапов — редкий случай, когда основа, казалось бы, экзотическая, подчиняется стандартной русской словообразовательной модели. Перед нами типичный патроним на -ов, образованный от имени или прозвища Мараджап. Ключевой вопрос — что стоит в основе: арабское имя, местное прозвище или искажённое заимствование.

Наиболее вероятная версия отсылает к тюркским языкам, где слово «мараджа» или «мараджап» могло означать «мечтатель», «фантазёр» либо «человек, склонный к чудачествам». В казахском и узбекском языках есть лексема «мараз» (причуда, странность), которая с добавлением аффикса -ап даёт прозвищное имя. Не исключено, что предок носителя этой фамилии получил своё прозвище за необычное поведение, задумчивость или любовь к небылицам.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским именем Марджап (вариант Марджаб), которое восходит к корню «р-дж-б» — «надеяться», «ожидать». В таком случае имя означало бы «тот, на кого надеются» или «долгожданный». Однако арабские имена в тюркской среде часто переосмысливались, и конечное -п вместо -б может указывать на местное произношение.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и Каракалпакстану. Там же встречаются фамилии Мараджаев, Мараджанов — все они образованы от одной основы, но с разными суффиксами. Форма на -ов в Мараджапов говорит о том, что носители фамилии в момент её оформления находились под влиянием русской административной системы, которая требовала патронимического суффикса.

В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется — скорее всего, она оформилась в советское время, когда у казахов и каракалпаков массово закрепляли фамилии по отцу. Поэтому точную дату появления назвать сложно, но можно уверенно говорить, что она не старше конца XIX — начала XX века.