Фамилия Маралкина — женская форма фамилии Маралкин, и её происхождение почти наверняка связано с прозвищем или мирским именем Маралка. В русской ономастике это редкий случай, когда в основе лежит название животного, причем не самого распространённого.

Слово «маралка» в диалектах Сибири и Урала обозначает самку марала — крупного оленя. Прозвище Маралка могли дать человеку по внешнему сходству: за длинные ноги, пугливый нрав, большие глаза или даже за цвет волос (рыжеватый, как шерсть оленя). Реже прозвище могло быть связано с охотничьим промыслом — так называли того, кто добывал маралов или торговал пантами (молодыми рогами, ценившимися в медицине). В любом случае, географически фамилия должна была возникнуть в ареале обитания марала — в Сибири, на Алтае или в Забайкалье.

Модель образования типична для русских фамилий: основа на -а (Маралка) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Маралкин — буквально «сын Маралки» или «человек из рода Маралки». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или с окончанием на -а/-я, что здесь и соблюдено.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «марал» (олень) через фамилии типа Маралов, Мараловский. Однако форма с суффиксом -к- (Марал-к-а) указывает скорее на русское диалектное словообразование, где -к- придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или просторечия.

Фамилия Маралкина не относится к числу дворянских или широко известных — её носители, скорее всего, были крестьянами или охотниками из восточных регионов России. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её ценной для локальной генеалогии: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки жили в Сибири или на Алтае.