Фамилия Марашкина образована от мужской формы Марашкин, а та, в свою очередь, — от личного имени или прозвища Марашка. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Мара, которое встречается в документах XV–XVII веков. «Мара» в старорусских говорах означало «марево», «туман», «призрак», а также могло относиться к человеку со светлыми, «белесыми» волосами или бледной кожей. Суффикс -шк- в имени Марашка носит уменьшительно-ласкательный оттенок, характерный для бытовой речи: так могли называть ребенка или младшего родственника по имени Мара, а позже прозвище закрепилось за родом.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с глаголом «марать» (пачкать). В этом случае Марашкой в северных и сибирских говорах могли прозвать неопрятного человека или того, кто работал с грязью, сажей — например, печника или трубочиста. Но эта версия слабее, потому что прозвища от «марать» обычно образовывались с суффиксом -к- (Марка, Марко), а -шк- чаще указывает на личное имя.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Марашкин, то есть сын или потомок Марашки. Такая модель типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. Географически фамилия Марашкина встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях, где имя Мара фиксировалось в писцовых книгах.

Интересно, что фамилия Марашкин не имеет отношения к украинскому или белорусскому «марашка» (ягода морошка), как иногда ошибочно полагают. Это чисто русская фамилия, и её основа — личное имя, а не растение.