Фамилия Маратбаев образована от мужского тюркского имени Маратбай. В ней легко угадывается двухчастная тюркская модель: первая часть — Марат (диалектная форма имени Мурат, что с арабского переводится как «цель, намерение, желание; желанный»), вторая — бай («господин, хозяин, богатый человек»). Буквально Маратбай означает «цель господина» или «желанный господин». Суффикс -ев указывает на принадлежность: Маратбаев — потомок Маратбая.

Такие составные имена с компонентом «бай» были широко распространены у тюркских народов, особенно в среде, где имя стремились сделать благопожелательным, указывающим на достаток и уважение. Фамилия Маратбаев, таким образом, — памятник восточной ономастической традиции, где личное имя часто становилось родовым прозвищем, а затем и фамилией.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии можно лишь на основании генеалогических исследований, так как процесс формирования фамилий у разных тюркских народов мог растянуться на столетия и не всегда привязывался к одной местности. Однако сам факт, что фамилия сохранила архаичную форму имени (Марат вместо более распространённого Мурат), может указывать на определённый региональный диалект или на то, что имя закрепилось в роду до того, как форма Мурат стала доминирующей.