Фамилия Мардуев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), основа Марду- почти не встречается в православных святцах. Самый вероятный путь — тюркское или кавказское происхождение, где фамилия прошла через русскую модель оформления.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), а корень Марду- восходит к личному имени или прозвищу. В тюркских языках (татарском, башкирском) имя Мардан означает «доблестный, мужественный», а форма Марду — его фонетический вариант. В осетинском языке есть имя Мард, но оно имеет другое значение — «умерший» или «смерть», что маловероятно для основы фамилии. Правдоподобнее версия с арабским корнем «мард» — «мужчина», «мужественный», который через тюркское посредство мог дать имя Мардан, а затем и фамилию.

Географически фамилия Мардуев встречается в Поволжье и на Северном Кавказе, особенно среди татар, башкир и народов Дагестана. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии не фиксировались — это говорит о том, что предки носителей, скорее всего, были крещёными татарами или представителями горских народов, чьи имена адаптировали под русскую фамильную систему после вхождения региона в состав империи.

Сословная принадлежность предков, вероятно, была крестьянской или служилой (в случае кавказских народов — уздени, то есть свободные общинники). Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не известно. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Марданов, Марданшин — встречаются чаще и уже изучены ономастами. Мардуев — их более редкий вариант, где гласная «у» могла возникнуть из-за диалектного произношения или ошибки писаря при записи.