Фамилия Марфушкина — одна из тех, что с первого взгляда говорят о своём женском происхождении, но на деле хранит историю мужского прозвища. В её основе лежит имя Марфушка — уменьшительно-ласкательная форма от Марфа. Это древнее каноническое имя, пришедшее на Русь вместе с христианством, имеет арамейские корни и переводится как «госпожа» или «хозяйка». Казалось бы, фамилия образована напрямую от женского имени, но в русской ономастике это не редкость: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Марфушкина — буквально «дочь или жена Марфушки». Однако носителем прозвища Марфушка в XVI–XVII веках чаще был мужчина, которого так прозвали за связь с матерью или женой по имени Марфа, либо за мягкий, «бабий» характер.

Словообразовательная модель здесь классическая для северных и центральных регионов России: основа (Марфушк-) плюс притяжательный суффикс -ин. Окончание -а — признак женского рода, так как фамилия закрепилась в форме, которая отвечает на вопрос «чья?». В документах XVII века такие фамилии часто давали крестьянам и посадским людям, не имевшим родового прозвища, — по имени отца или домохозяйки. Интересно, что в некоторых говорах прозвище Марфушка могло закрепиться за человеком, который служил в доме боярыни Марфы или работал на её земле, но это лишь версия, не подкреплённая массовыми записями.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Марфин, Марфунин, Марфутичев — показывает, что Марфушкина стоит особняком из-за редкого суффикса -ушк-. Этот уменьшительный формант в фамилиях встречается нечасто: он придаёт основе не столько ласкательный, сколько бытовой, деревенский оттенок. Если Марфин мог быть фамилией священника или купца (от полной формы имени), то Марфушкина явно указывает на простонародное происхождение — крестьянскую или мещанскую среду, где имена сокращали до предела.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям, а также к Поволжью — именно там в переписных книгах XVIII–XIX веков встречаются крестьяне с прозвищем Марфушка. В современных справочниках фамилия считается редкой: по данным на начало XXI века, в России насчитывается не более нескольких сотен её носителей, в основном в центральных и северных регионах. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет — она осталась в тени более распространённых Марфиных и Марфутиных, но именно это делает её ценной для локальной генеалогии: каждый случай уникален и привязан к конкретной семье.