Фамилия Маргаленко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках стал основным способом формирования фамилий в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России. Маргаленко — буквально «сын Маргала» или «потомок Маргала».

Основа фамилии — прозвище Маргал. Его происхождение неочевидно и допускает две основные версии. Первая: от диалектного южнорусского или украинского слова «марга́ть» — «мигать, моргать, щуриться». Прозвище Маргал могли дать человеку с привычкой часто моргать, прищуриваться или имевшему дефект зрения. Вторая версия связывает прозвище с тюркским корнем: в казахском и башкирском «марғал» — «пастух, табунщик». В степных регионах, где русские и украинцы контактировали с тюркскими народами, такое прозвище могло закрепиться за человеком, пасшим скот, или за переселенцем из тюркской среды.

Менее вероятна, но возможна связь с румынским словом margal (разновидность травы или кустарника) — это могло бы указывать на род занятий (травник, пасечник) или на место жительства у зарослей такого растения. Однако для украинской антропонимии эта версия экзотична.

С географической точки зрения фамилия Маргаленко — редкая. Её очаги, судя по разрозненным данным, находятся в центральной и восточной Украине (Полтавщина, Черкащина, Днепропетровщина) и в прилегающих областях России (Белгородская, Воронежская). Это зона расселения казачества и крестьян, где фамилии на -енко были нормой.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или казацкая. В реестрах Войска Запорожского или метрических книгах XVIII–XIX веков Маргаленко — это рядовой хозяин, а не шляхтич. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение.

Таким образом, Маргаленко — фамилия-характеристика, скорее всего, по поведенческой черте («моргун») или по роду занятий («пастух»). Её редкость делает её особенно ценной для генеалогии: каждый носитель, скорее всего, происходит из одной-двух локальных ветвей, что упрощает поиск предков.