Фамилия Маргальников — редкий пример, где основа почти наверняка не славянская, а греческая или еврейская, а русский суффикс -ов превратил её в типичную русскую фамилию. Если отбросить окончание, остаётся корень «Маргальник». В русском языке такого слова нет, но оно прозрачно соотносится с именем Маргарит (женская форма — Маргарита), которое восходит к греческому «маргаритес» — жемчуг.

Вероятнее всего, Маргальников — это патроним (фамилия по отцу) от формы Маргальник. Так в быту могли называть человека по имени Маргарит или, что реже, по фамилии матери (если она была Маргарита). Суффикс -ник здесь необычен: обычно от имён на -ит образуют уменьшительные с -ик (Маргарик), но -ник мог возникнуть под влиянием диалектов или как прозвищная форма. Вторая версия, более редкая, связывает фамилию с профессией: в южных говорах «маргаль» — это сорт винограда, а «маргальник» могло означать виноградаря или владельца виноградника. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «маргаль» практически не фиксируется в русских говорах за пределами узких местных диалектов.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где были сильны греческие общины (Приазовье, Крым, Одесская область). Именно там имя Маргарит, нечастное в центральной России, встречалось чаще. Фамилия осталась редкой: её не найти в списках массовых русских фамилий, и она не попала в классические словари Б. Унбегауна или В. Никонова. Это говорит о том, что род был немногочисленным, возможно, связанным с духовенством (среди священников греческие имена были распространены) или с мещанскими семьями греческого происхождения.

Написание фамилии устойчиво — через «а» в первом слоге, что подтверждает связь с «маргаритом». Вариант через «о» (Моргальников) мог бы указывать на моргание или морг, но для Маргальниковых такое написание исключение. Таким образом, носитель фамилии, скорее всего, потомок человека по имени Маргарит, возможно, выходца из греческой среды, который получил прозвище Маргальник, а затем и фамилию по обычной русской модели.