Фамилия Маргацкий образована от личного прозвища и относится к распространенному типу славянских фамилий. Фамилия Маргацкий образована от прозвища Маргай. Возможно, происходит от диалектного глагола «маргать», которое в пермских говорах имеет значение «брезгать, причудничать, привередничать, пренебрегать». Вполне вероятно, что прозвище указывало на особенности характера человека. Согласно другой гипотезе, прозвище Маргай восходит к литовскому слову margas, которое в переводе на русский язык означает «пестрый, рябой». В таком случае Маргаем в народе могли прозвать либо того, кто любил одежду ярких цветов, либо человека со следами оспы на лице. Это были притяжательные прилагательные с суффиксами –ук /-юк, -ск / -цк, -вич, -ин, изначально указывающие на прозвище отца. О точном месте и времени возникновения фамилии Маргацкий в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Маргацкий представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.