Фамилия Маргацкие (в мужском роде — Маргацкий) — редкий пример фамилии, в основе которой лежит прозвище, а не крестильное имя. Образована она по типичной модели: к корню прозвища Маргай прибавили суффикс -цк- (в форме -цк-, а не -ск-, что встречается реже), а окончание указывает на множественное число или принадлежность роду. То есть Маргацкие — буквально «люди из рода Маргая».

Сам корень — загадка. Есть две основные версии, и обе имеют право на жизнь. Первая отсылает к русскому диалектному глаголу «маргать», который в пермских говорах означал «брезгать, привередничать, пренебрегать». Если так, то Маргаем прозвали человека разборчивого, капризного, возможно, придирчивого в еде или быту — прозвище по характеру.

Вторая версия ведёт нас в литовский язык, где слово margas значит «пёстрый, рябой». В этом случае прозвище могло относиться к внешности: либо любитель яркой, броской одежды, либо человек со следами оспы на лице (рябой). Такое прозвище легко могло закрепиться в пограничных с Литвой землях или там, где были смешанные славяно-балтские контакты.

Суффикс -цк- (как в фамилиях Трубецкой, Вяземский) чаще встречается у фамилий, образованных от географических названий, но здесь он присоединён к личному прозвищу — это более редкий случай. Форма «Маргацкие» (на -ие) характерна для западнорусских и польских традиций, где множественное число указывало на целый род. Поэтому вполне возможно, что предки Маргацких жили на территории современной Беларуси, Украины или в западных областях России, где такие фамилии были особенно распространены.

Прозвище Маргай — довольно редкое, и в старых документах оно почти не встречается. Это значит, что фамилия могла возникнуть в одной конкретной местности и не получить широкого распространения. О точном времени появления фамилии Маргацкий говорить сложно — процесс формирования фамилий у славян растянулся на несколько столетий, но вряд ли она старше XVI–XVII веков.