Фамилия Маргацкая — женская форма фамилии Маргацкий, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Маргай. Основа фамилии — «Маргай» — неоднозначна, и у исследователей есть как минимум две версии её появления. Самая вероятная отсылает к диалектному глаголу «маргать», который в пермских говорах означал «брезгать, причудничать, привередничать, пренебрегать». В таком случае прозвище давали человеку разборчивому, капризному или тому, кто чем-то гнушался. Это объяснение лежит на поверхности, так как глагол бытовал в живой речи.

Вторая версия уводит нас в балтийские языки. Литовское слово «margas» переводится как «пёстрый, рябой». Здесь прозвище могли получить люди с заметной внешностью: либо любитель яркой, цветастой одежды, либо человек со следами оспы на лице. Слово «рябой» в русских прозвищах и фамилиях встречается часто, так что и этот вариант имеет право на существование, хотя и менее типичен для исконно русской модели именования.

Сама фамилия Маргацкая образована по типичной для юго-западных и польских земель модели: к основе «Маргай» добавили суффикс «-цк-» (в мужском роде — «-цкий», в женском — «-цкая»). Такие фамилии изначально звучали как притяжательные прилагательные и отвечали на вопрос «чей?», то есть указывали на принадлежность человеку по прозвищу Маргай. Со временем суффикс «-цк-» стал ассоциироваться с дворянскими и шляхетскими фамилиями, но на деле он мог закрепиться за крестьянами и мещанами, особенно в тех регионах, где польское влияние на язык было сильным. Таким образом, предок носительницы фамилии Маргацкая — это, скорее всего, человек по прозвищу Маргай, живший на территории современной Украины, Беларуси или восточной Польши.