Фамилия Маргаева образована от прозвища или имени Маргай. В основе лежит диалектный глагол «маргать», который означал «причудничать, привередничать». Скорее всего, прозвище Маргай давали человеку разборчивому, требовательному, строгому — тому, кто капризничал и был недоволен. Однако есть и другая, противоположная версия. Имя Маргай могли давать как охранительное, чтобы обмануть злых духов: родители нарекали ребёнка «привередой» в надежде, что он вырастет добрым и жизнерадостным. Эту версию подкрепляет связь с прилагательным «морготный» — то есть «нудный, постылый, противный». В народной традиции такие имена-обереги были обычным делом.

Сама фамилия построена по простой модели: к основе Маргай добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев, указывающий на «сына Маргая» или «человека из рода Маргая». Форма Маргаева — женская или исходная (от отца к детям), мужской вариант — Маргаев. Фамилия редкая, её географическое распространение невелико, но она встречается в Поволжье и на Урале, что указывает на возможную связь с северными или восточными говорами, где глагол «маргать» был в ходу. В отличие от более частых фамилий на -ов, здесь сохранился суффикс -ев, что говорит о мягкой или шипящей основе (Маргай → Маргаев). Таким образом, носитель фамилии Маргаева — потомок человека, которого в старину называли либо за характер, либо по суеверной традиции, и это имя закрепилось в роду на века.