Фамилия Маргачева — женская форма фамилии Маргачев, а та образована от прозвища или имени Маргач. Именования по такой модели (основа + суффикс -ев/-ов) широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии этого типа возникали от личного прозвища или от имени — христианского или языческого.

Основа Маргач — нецерковное имя или прозвище. В русских говорах «маргач» означало «беспокойный человек», «непоседа» или «суетливый». Слово связывают с глаголом «маргать» — мигать, моргать, беспокойно двигаться. Прозвище Маргач могли дать человеку с живым, подвижным характером или тому, кто часто моргал. В некоторых диалектах «маргач» — это также заяц, что могло указывать на быстроту или пугливость.

Модель образования проста: к основе Маргач прибавили суффикс принадлежности -ев, и получилось Маргачев — «сын Маргача». Фамилия фиксируется в разных регионах, но чаще встречается в центральных и южнорусских областях, а также на Урале. По сословной принадлежности предки Маргачевых могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ев редко носили дворяне, если только не происходили из старых служилых родов.

С точки зрения редких деталей: суффикс -ач в основе (Маргач) типичен для прозвищ, характеризующих человека по действию или внешности (ср. Ткач, Скач, Бормач). Такие прозвища часто становились фамилиями без дополнительных изменений, но здесь добавили патронимический суффикс, что указывает на устоявшуюся традицию именования по отцу.