Фамилия Марганова образована от мужского древнетюркского имени Марган (Мерген). В отличие от распространённых славянских имён, эта основа ведёт прямо в степную культуру, где имя было не просто знаком, а характеристикой. Марган переводится как «искусный охотник», «меткий стрелок», «снайпер». У древнетюркских народов так называли мальчика с пожеланием, чтобы он стал умелым воином и добытчиком, способным прокормить род.

Личное имя Марган легло в основу фамилии по стандартной русской модели: к нему добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Так Марганов — буквально «сын Маргана», «потомок того, кого звали Марганом». Женская форма Марганова — это та же фамилия, перешедшая по женской линии или по мужу.

Примечательно, что в русской ономастике фамилии на «тюркское имя + -ов» — явление обычное, но Марганов стоит особняком. Редкость корня в том, что имя Марган почти не встречается в современных антропонимах, а в прошлом бытовало в основном у башкир, татар, казахов и ногайцев. Поэтому географически фамилия Маргановых чаще всего привязана к Поволжью, Приуралью и южным регионам России, где исторически плотно пересекались тюркские и славянские роды.

В словарях и базах данных фамилия Марганова фиксируется с XIX века, в основном в Оренбургской, Самарской и Астраханской губерниях — как раз по трактам кочевий и торговых путей. Прозвище «марган» могло закрепиться и за человеком, не носившим имени, но прославившимся меткой стрельбой или охотничьей удачей. В любом случае, потомок человека по имени или прозвищу Марган со временем получил фамилию Марганов — и она по сей день хранит память о предке-степняке с луком или ружьём.