Фамилия Маргантова — женская форма от Маргантов, и её основа неочевидна на первый взгляд. Самое простое объяснение — связь с химическим элементом марганцем, но в русской ономастике такое встречается крайне редко и обычно вторично, как прозвище человека, имевшего дело с этим веществом (например, работавшего на производстве марганцовки или торговавшего ею). Однако гораздо правдоподобнее, что корень не химический, а географический или антропонимический.

В русских говорах слово «марган» или «морган» могло означать нечто округлое, выпуклое, а также быть вариантом имени Морган (через украинское или белорусское влияние). Возможна и связь с тюркскими корнями, где «марган» — меткий стрелок, охотник. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, получившим такое прозвище за мастерство в стрельбе или охоте. Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, указывая на принадлежность: «чей?» — Маргантов, то есть сын или потомок Маргана.

Географически фамилия Маргантова тяготеет к южным регионам России и Украины, где исторически были сильны тюркские влияния и где встречаются топонимы вроде Маргановка. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного прозвища в одном селе или городке. В отличие от фамилий на -ский, которые часто давались дворянам или духовенству, Маргантовы, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище закрепилось за родом в XVII–XIX веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Марганов, Марганцев — показывает, что вариант с -т- (Маргантов) встречается реже и может быть следствием диалектного произношения или описки в документах. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в южных губерниях, особенно в Екатеринославской или Херсонской, где были поселения выходцев из Малороссии.