Фамилия Марганов происходит от мужского личного имени Марган. В основе лежит древнетюркское слово, означавшее «искусный охотник, меткий стрелок». Имя давали мальчику как пожелание стать умелым воином и добытчиком. С течением времени отчество от этого имени закрепилось как фамилия — Марганов, то есть «потомок Маргана».

Само имя Марган встречается в тюркской ономастике и топонимике. Например, в Башкортостане есть село Марган, название которого связано с тем же корнем. В русской среде фамилия могла закрепиться через контакты с татарами, башкирами или другими тюркоязычными народами.

Фамилия образована по стандартной для России модели: к основе на твёрдый согласный прибавили суффикс -ов. Это указывает на то, что носитель фамилии — потомок человека по имени Марган. Встречается фамилия в разных регионах, но чаще — в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири, где исторически сильны тюркские влияния.

Иногда фамилию путают с Маргановым, где ударение падает на первый слог. В таком варианте она может быть связана с итальянским именем Маргарита или греческим «маргаритес» (жемчужина), но для русской фамилии тюркское происхождение гораздо вероятнее: суффикс -ан в тюркских именах типичен, а значение «охотник» хорошо объясняет прозвищную основу.

Если фамилия редкая и местная, стоит проверить семейные предания: возможно, предки действительно были охотниками или воинами, и имя Марган передавалось по роду, пока не превратилось в фамилию.