Фамилия Марганец — редкий случай, когда фамилия совпадает с названием химического элемента. Но связь тут не прямая, и разбираться надо с оглядкой на историю языка. В современном русском «марганец» — это металл, но слово попало к нам через немецкое Mangan из латинского magnes (магнит). В фамилию оно превратиться не могло: химический термин вошёл в обиход только в XVIII–XIX веках, когда фамилии у крестьян и мещан уже давно сложились. Значит, корень другой.

Наиболее вероятная основа — украинское или южнорусское прозвище Марганец. В украинском языке «марганець» (или «марганец») — диалектное название мелкой монеты, гроша, а также переносно — «мелочь», «пустяк». Человека могли так прозвать за невысокий рост, худобу или, наоборот, за скупость, прижимистость. Есть и другая версия: от польского margać (моргать, подмигивать) или margany (нечто негодное, брак). В этом случае прозвище давали тому, кто косил глазом, часто моргал или занимался переборкой товара, отбраковкой.

Суффикс -ец указывает на принадлежность к чему-либо или на характерный признак. В украинской и польской традиции такие фамилии на -ец часто образовывались от прозвищ и были распространены среди крестьян и ремесленников. Географически фамилия Марганец встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных областях Беларуси и Польши. В России она редка и почти всегда указывает на украинские или белорусские корни предков.

Встречается также вариант написания с ударением на первый слог — Ма́рганец, что может указывать на польское происхождение (от margać). Фамилия Марганец не дворянская и не купеческая — это типичное крестьянское или мещанское прозвище, которое закрепилось за родом в XVIII–XIX веках. Связи с городом Марганец (Днепропетровская область) нет: город назван в честь марганцевой руды в 1938 году, а фамилия старше минимум на столетие.