Фамилия Маргания — одна из тех, что хранят память о древних занятиях и кочевых традициях. В её основе лежит мужское древнетюркское имя Марган. На русский язык его переводят как «искусный охотник» или «меткий стрелок, снайпер». У тюркских народов это имя давали мальчику с пожеланием, чтобы он вырос умелым воином и добытчиком, человеком, от которого не уйдёт зверь и не укроется враг.

Обратим внимание на окончание. Фамилия оканчивается на -ия, что для тюркских основ нетипично. Такая модель образования характерна для грузинских фамилий (сравните: Маргания, Квитания, Шония). Это значит, что носители фамилии — скорее всего, потомки тюркского рода, обосновавшиеся на Кавказе и воспринявшие местную антропонимическую традицию. Корень Марган- здесь соединился с грузинским суффиксом принадлежности, превратив личное имя в родовое прозвание.

В истории фамилия известна благодаря Александру Сесыркевичу Маргания. Он был дворянином и состоял в кавказском революционном кружке, организованном в 1875 году. Эта деталь указывает на то, что предки Маргания принадлежали к местному дворянскому сословию, что редкость для фамилий, восходящих к тюркским кочевникам. Возможно, род сумел подняться по социальной лестнице на Кавказе, сохранив при этом память о воинском имени своего основателя.