Фамилия Маргер предположительно представляет собой фонетический вариант фамилии Маркер, которая образована от аналогичного прозвища. В свою очередь прозвище Маркер может быть образовано от средневерхненемецкого слова merkære - «разграничивать». Такое прозвище мог получить человек, живший в некотором отдалении от поселения, на территории, отделённой от деревни, например, лесом или полем. По другой версии, прозвище Маркер образовано от слова marker (на идише означает «слуга») указывает на род занятий предка.