Фамилия Маргер — скорее всего, фонетический вариант фамилии Маркер, где звонкое «г» заменило глухое «к» (такая замена — обычное дело в живой речи, особенно в диалектах, где оглушение или озвончение согласных происходит непоследовательно). Сама фамилия Маркер восходит к прозвищу, а у того — как минимум две версии происхождения.

Первая: от средневерхненемецкого merkære — «разграничивать» или «тот, кто ставит метки». В этом случае прозвище могли дать человеку, который жил на отшибе, за границей поселения — за лесом, полем или оврагом. Такие «крайние» дворы часто получали прозвища по местоположению, и потом они закреплялись в фамилиях.

Вторая версия: слово marker на идише означает «слуга». Если предок носителя фамилии Маргер был прислугой, выполнял хозяйственные поручения или работал в доме зажиточного хозяина, прозвище могло указывать на его занятие. Идиш — язык ашкеназских евреев, а значит, эта версия связывает фамилию с еврейским бытом Восточной Европы.

Обе гипотезы имеют право на существование, но первая (географическая) выглядит чуть надёжнее: прозвища по месту жительства в фамилиях встречаются чаще, чем по социальному статусу. Впрочем, без точных данных о регионе бытования фамилии Маргер утверждать что-то наверняка нельзя — это как раз тот случай, когда окончательный ответ дала бы только запись в метрической книге или ревизской сказке.

С точки зрения словообразования: суффикс -ер — не типичный русский формант (обычные для русских фамилий суффиксы -ов, -ин, -ский). Это указывает на немецкое или идишское происхождение основы. Фамилия Маргер, скорее всего, не крестьянская, а мещанская или ремесленная, и могла появиться на территориях, где смешивались немецкие, еврейские и славянские традиции именования — например, в западных губерниях Российской империи, в Прибалтике или в черте оседлости.