Фамилия Магер имеет немецкие корни и восходит к слову mager, которое переводится как «худой, бедный, скудный». Скорее всего, такое прозвище давали худощавому и небогатому человеку — внешность или достаток могли стать поводом для закрепления этого имени в роду. В отличие от многих русских фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён или названий профессий, Магер стоит особняком: её основа — прямое прилагательное, описывающее физические или материальные качества человека.

Словообразовательная модель здесь простая: фамилия не получила типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), а сохранилась в исходной немецкой форме. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли быть выходцами из немецкоязычных земель — например, переселенцами, приглашёнными в Россию в XVIII–XIX веках, или обрусевшими немцами, которые сохранили фамилию без изменений. В среде немецких колонистов прозвище Mager действительно встречалось: оно могло закрепиться за крестьянином или ремесленником, выделявшимся худобой или скудным хозяйством.

Интересно, что в славянской среде фамилия могла получить иное осмысление. В украинском и белорусском языках есть слово «магер» — так в некоторых диалектах называли знахаря или колдуна. Однако эта версия менее вероятна: она не объясняет прямого совпадения с немецким корнем, а распространённость фамилии именно в регионах с историческими немецкими поселениями (Поволжье, Причерноморье) говорит в пользу первой гипотезы. Поскольку фамилия не получила суффиксальной обработки, она осталась «чужой» по форме, что делает её редким случаем среди русских фамилий немецкого происхождения.

География бытования фамилии Магер в России охватывает в основном южные области и регионы бывшего проживания немецких колонистов. Встречается она и в Украине, и в Беларуси, но там её носители — чаще потомки тех же переселенцев или, реже, люди, получившие фамилию через прозвище уже в славянской среде. Точных данных о сословной принадлежности предков Магеров нет, но, судя по значению основы, речь идёт о крестьянском или мещанском происхождении, без связи с дворянством.