Фамилия Маргиданов — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии, а сама фамилия образована по русской модели. Разберём её по частям. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую форму: «чей?» — Маргиданов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Маргидан. Сама основа «Маргидан» (или «Маргид») в русских святцах не встречается, что сразу отсекает версию о крестильном имени.

Самая правдоподобная версия — арабо-персидское происхождение основы. Корень «маргид» или «маргидан» может восходить к арабскому слову «муршид» (مرشد) — «наставник, духовный руководитель». В тюркских языках, испытавших влияние ислама, это слово могло видоизмениться: переход «ш» в «г» или «д» в диалектах не редкость. Тогда Маргидан — это адаптированная форма имени Муршид, возможно, с добавлением тюркского суффикса -ан, который усиливает значение или указывает на принадлежность. Фамилия могла закрепиться в среде татар, башкир или народов Кавказа, где имена арабского происхождения смешивались с местными фонетическими нормами.

Есть и более спорная версия: от тюркского «марг» — «луг, пастбище» (через персидское «марг» — «цветущий луг»). В таком случае Маргидан — житель или владелец луга. Но эта гипотеза слабее: суффикс -дан в тюркских языках встречается, но чаще в топонимах, а не в личных именах, и маловероятно, что от названия луга образовали бы патронимическую фамилию с русским окончанием.

Скорее всего, предок носителя фамилии был мусульманином (возможно, муллой или учителем), которого в русских документах записали по отцу — Маргиданов. Фамилия крайне редкая, в открытых базах данных и телефонных справочниках встречается единично, в основном в регионах Поволжья и на Северном Кавказе. Это подтверждает её восточные корни, адаптированные русской канцелярией XIX века.