Фамилия Маргиданова — редкий случай, когда географический маркер оказывается едва ли не важнее лингвистического разбора. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или иранская, и ключ к ней лежит в приставке «Марги-». Эта часть восходит к названию исторической области Маргиана (древнеперсидское «Маргуш») в Средней Азии, на территории современного Туркменистана и Узбекистана. Корень «марг» в иранских языках означает «луг» или «пастбище», а «-ан» — суффикс принадлежности. Таким образом, прозвище Маргидан могло означать «выходец из Маргианы» или «житель тех мест».

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который в женском роде принимает форму -ова. Мужской вариант — Маргиданов. Это типичная ситуация для фамилий, возникших в среде тюркоязычных или ираноязычных народов, принявших православие или долгое время живших в русскоязычной среде: исходное прозвище (Маргидан) «обрусело», получив стандартный суффикс. Обращает на себя внимание суффикс -дан в основе. В тюркских языках он может указывать на обладание качеством или происхождение (сравните с татарскими фамилиями на -дан/-дян). То есть Маргидан — это не просто «человек из Маргианы», а скорее «принадлежащий к той земле, происходящий оттуда».

Сословно носители такой фамилии, вероятнее всего, относились к разночинцам, казакам или крестьянам южных губерний Российской империи — Оренбургской, Астраханской, Ставропольской, где было сильно смешение с народами Средней Азии. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном характере: она могла закрепиться за одним родом, переселившимся из Закаспийской области.

Стоит различать её с похожей фамилией Маргидонов, где суффикс -он может указывать на греческое или болгарское влияние, но в случае с Маргидановой иранский след выглядит убедительнее. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, их корни уходят в регион, где встречались славянские переселенцы и народы древней Маргианы — возможно, это были казаки, торговавшие или служившие на границе с Хивой и Бухарой.