Фамилия Маркабаев — редкий случай, когда корень почти наверняка тюркский, а суффикс — русский, адаптировавший фамилию под стандарты Российской империи. Основа «Маркаба» в тюркских языках (казахском, башкирском, татарском) означает «экипаж», «повозка», «коляска». Это слово пришло из арабского через персидский и закрепилось в быту кочевых народов для обозначения крытой телеги или кибитки.

Самый вероятный путь образования: прозвище Маркаба (человек, связанный с повозкой — извозчик, каретник, либо владелец богатого экипажа) + русский патронимический суффикс -ев. В тюркской среде отчества и фамилии часто оформляли по русской модели: к основе добавляли -ов или -ев. Форма Маркабаев буквально значит «сын Маркабы» или «из рода Маркабы».

Есть и вторая, менее убедительная версия: от арабского имени Маркаб (в значении «наблюдатель» или «сторож»). Но в ономастике переход личного имени в фамилию с суффиксом -ев дал бы скорее Маркабов, а не Маркабаев. Форма на -аев типична именно для прозвищной основы, оканчивающейся на гласный «а»: Баймурза → Баймурзаев, Ахметша → Ахметшаев. Здесь та же модель: Маркаба → Маркабаев.

Географически фамилия тяготеет к северо-западному Казахстану, Оренбуржью и Башкортостану — регионам, где русская административная машина в XIX веке фиксировала тюркские прозвища в метриках и ревизских сказках. Носители фамилии — почти всегда потомки казахов или башкир, получивших фамилию при переписях или приписке к сословию.

Словообразовательный нюанс: суффикс -ев здесь не родовой (как в русских фамилиях от прозвищ на -а/-я: Соловьёв, Гуляев), а чисто адаптационный. Если бы фамилия сложилась в собственно тюркской среде, она звучала бы как Маркабаулы или Маркабаев (с ударением на последний слог по казахской модели). Русское ударение обычно падает на последний слог — Маркаба́ев, хотя в устной речи встречается и вариант Маркаба́ев.

В итоге: предки Маркабаева — скорее всего, незнатный человек, чьё прозвище выросло из повседневного дела: возчик, ямщик, мастер по ремонту телег. Фамилия не несёт аристократического оттенка, но крепко привязана к кочевому быту и его транспортной культуре.