Фамилия Маркабаева — редкий случай в русском ономастиконе, который почти наверняка имеет тюркское происхождение. Скорее всего, её основа — мужское имя Маркабай, распространённое у казахов, татар, башкир и других народов, где «бай» означает «богач», «хозяин», «господин». Первая часть имени, «Марка», может восходить к арабскому «марказ» — «центр», «опора», или же быть вариантом имени Маркуш (производное от Марк). Таким образом, Маркабай — это «опора богатства» или «господин, стоящий в центре».

Фамилия образована по типичной для тюркских языков модели: к основе Маркабай добавили русский патронимический суффикс -ев, а фамилия в женском роде получила окончание -а. В среде, где фамилии давались по отцу, Маркабаева — это «дочь или жена Маркабая». Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Маркаба́ева, хотя в русской среде возможны смещения.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием тюркских народов: Казахстан, Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Астраханская области. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере. Носители фамилии — потомки человека, которого в своё время звали Маркабай. Он мог быть скотоводом, торговцем или просто уважаемым человеком в ауле, чьё имя закрепилось за целым родом.

В русском контексте фамилия Маркабаева примечательна тем, что её основа не славянская и не заимствована через христианские святцы. Это пример того, как в XIX–XX веках, при переходе на русскую модель фамилий, тюркские имена адаптировались с помощью стандартных суффиксов, сохраняя при этом свою этническую идентичность. Сравните с однокоренными, но более редкими фамилиями Маркабаев, Маркабай.

Если искать параллели, то модель «имя + бай + ев» — одна из самых продуктивных в казахской и татарской антропонимии: Аманбаев, Сапарбаев, Досбаев. Маркабаева стоит в этом ряду, но с более загадочной первой частью, что делает её интересным объектом для семейного историка.