Фамилия Марка — редкий случай, когда основа имени и прозвища совпали с готовой фамилией без добавочных суффиксов. В русской традиции типичная модель — Марков, Маркин, Маркелов: к основе приращивается -ов или -ин. Марка же застыла в исходной форме, что выдаёт либо нерусское происхождение, либо позднюю фиксацию в виде прозвища, которое не стали переделывать.

Самое простое объяснение — личное имя Марк. В святцах это апостол и евангелист, имя пришло из латыни (Marcus — «молоток» или «посвящённый Марсу»). Если предка звали Марк, то в быту его могли звать Марка — уменьшительно-пренебрежительно, как Ванька или Петька. Такая форма закрепилась за потомками в качестве фамилии, особенно в среде, где фамилии оформлялись поздно и неофициально: у крестьян, казаков, мещан.

Вторая версия — прозвище Марка от глагола «маркать» (пачкать, марать). В диалектах «марка» — это грязнуля, неряха. Прозвища по внешнему виду или поведению давали часто, и они легко переходили в фамилии без изменений. Здесь важно не путать с украинским или польским «марка» в значении «марка, знак» — в русской среде это значение пришло позже и фамилий не породило.

Географически фамилия Марка встречается редко и разрозненно. Её можно найти у русинов Закарпатья, у поляков (Marek — уменьшительное от Marcin), а также у евреев-ашкеназов как сокращение от Маркович или Маркас. В русских переписях XVII–XVIII веков форма без суффикса почти не встречается — это аргумент в пользу более позднего или неправославного происхождения.

Отличие от однокоренных Марков и Маркин в том, что они указывают на прямого отца («чей?»). Марка — это прозвище или имя самого человека, а не его сына. Носитель такой фамилии с большей вероятностью получил её от деда, который сам носил это прозвание, а не от отца по имени Марк. Тонкое, но важное различие в семейной истории.