Фамилия Маркакова — яркий пример того, как женская форма может рассказать о происхождении больше, чем мужская. В ней отчетливо слышна основа «Маркак», что сразу наводит на мысль о личном имени Марк. Но здесь есть важная деталь: не сам Марк, а его производная, уменьшительная форма. В русской народной традиции имя Марк, хоть и было календарным (церковным), в быту часто превращалось в Марка, а от него образовывали ласкательные варианты: Маркаш, Маркуша, Маркак. Вот последний — Маркак — и лег в основу фамилии. Суффикс «-ак» в данном случае указывает не на географию (как, например, «-як» у поляков), а на разговорное, даже несколько фамильярное именование, характерное для северных и центральных областей России. Получается, что Маркаков — это буквально «сын Маркака», то есть потомок человека, которого в семье или в деревне звали уменьшительно-ласкательно Маркак.

Однако не стоит исключать и другую, более редкую, но возможную версию. Фамилия могла возникнуть от прозвища, а не от имени. В некоторых говорах «маркак» или «маркатый» могло означать человека с заметной родинкой (от диалектного «марка» — метка, пятно). В этом случае фамилия перешла бы в разряд прозвищных, описывающих внешность предка. Но эта гипотеза менее вероятна: при наличии устойчивого канонического имени Марк и его живых производных, именно имя чаще всего становилось источником для фамилий. Сравните с однокоренными Маркашов, Маркин, Маркушин — все они идут от уменьшительных форм имени, а не от нарицательных слов.

По суффиксу «-ов» мы безошибочно определяем, что это классическая русская фамилия, принадлежавшая большинству населения — крестьянам, мещанам, духовенству. Она не указывает на дворянское происхождение (для этого использовались суффиксы «-ский» или «-ич»). Маркаковы, скорее всего, были людьми из непривилегированных сословий, и их фамилия закрепилась в документах в эпоху всеобщей паспортизации в XIX — начале XX века. Женская форма Маркакова — это естественное грамматическое изменение, показывающее, что перед нами женщина из рода Маркаковых.

В целом, фамилия прозрачна и не таит загадок. Её корень — в живом народном обращении к человеку по имени Марк, что делает её близкой к таким простым и распространённым фамилиям, как Петров или Иванов, но с более редкой и колоритной уменьшительной основой.