Фамилия Маркаков — сравнительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности, что делает разбор особенно интересным. В основе, скорее всего, лежит неканоническое имя или прозвище Маркак. В русской ономастике суффикс -ак нередко придаёт слову оттенок пренебрежения или, наоборот, характерной черты (ср. простак, добряк, а также зевака, гуляка). Следовательно, Маркаком могли назвать человека, чем-то напоминающего «Марка» — либо по внешнему сходству, либо по поведению, либо по той же модели, что и «Марков», но с другой стилистической окраской. Само имя Марк — латинского происхождения (Marcus, предположительно от Mars — Марс), в христианский обиход вошло через евангелиста Марка.

Однако есть и более бытовая версия. В южнорусских и украинских говорах слово «маркак» могло означать «маленький, щуплый человек» или «коротышка». В этом случае фамилия образована не от имени, а напрямую от прозвища по внешнему признаку, и суффикс -ак здесь как раз усиливает эту характеристику. Модель образования типична для русских фамилий: основа на -ак + патронимический суффикс -ов, то есть буквально «сын Маркака».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где распространены фамилии с суффиксом -ак: это Поволжье, Урал и частично Сибирь. Встречается она и в казачьей среде, где прозвища на -ак были особенно живучи. В отличие от массовых фамилий вроде Марков или Маркин, Маркаков — более локальная и поздняя по времени возникновения: скорее всего, она оформилась не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища начали закрепляться за потомками в виде фамилий. Сословно её носителями могли быть как крестьяне, так и однодворцы — в документах по Тамбовской и Воронежской губерниям такие формы встречаются.