Фамилия Марканов образована от мужского крестильного имени Марк, которое в переводе с латинского означает либо «слабый, вялый», либо «родившийся в марте». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Маркан. Такая словообразовательная модель (усечение основы с добавлением суффикса -ан) встречается у многих русских фамилий, образованных от канонических имен: Иван → Иван-ов, но также Иван-ан → Иван-анов.

Однако у фамилии Марканов есть и альтернативная версия происхождения, связанная не с христианским именем, а с тюркским или кавказским прозвищем. В чеченском языке слово «маркан» означает «страна». Прозвище Маркан могли дать либо человеку, приехавшему из чужих земель, либо, напротив, патриоту, который сильно тосковал по родине. Эта версия особенно правдоподобна для регионов Северного Кавказа, где фамилия встречается чаще, чем в центральной России.

Обратим внимание на суффикс -ов. Он указывает на принадлежность: «Марканов» буквально значит «сын Маркана». В русской ономастике это стандартная модель для фамилий, возникших в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по отчеству. Если бы фамилия закрепилась раньше, она могла бы иметь форму Марканин (с суффиксом -ин от имени на -а), но вариант на -ов говорит о более поздней фиксации, когда суффикс стал универсальным.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования от производных форм имени Марк не выделены в отдельную группу, но они вписываются в общую картину: фамилии Марков, Маркин, Маркелов и Марканов — это варианты одного корня, разошедшиеся по разным диалектным или семейным традициям. Марканов — один из самых редких вариантов, что может указывать на его локальное бытование, возможно, в смешанных русско-кавказских регионах.

Таким образом, фамилия Марканов имеет двойную этимологию: либо это отчество от уменьшительной формы имени Марк, либо прозвище, связанное с чеченским словом «маркан». Выбор между версиями зависит от региона проживания предков носителя фамилии. Если корни семьи ведут в центральную Россию, вероятнее первая версия; если на Кавказ — вторая.