Фамилия Марканова образована от мужского крестильного имени Марк. В переводе с латинского оно означает либо «слабый, вялый», либо «родившийся в марте». В основу фамилии легла не каноническая форма Марк, а её производная — Маркан. Такие варианты (Маркан, Марко, Маркуша) в быту были распространены шире, чем полное имя, особенно в среде, где имя давали по святцам, а в повседневном общении сокращали.

По модели образования фамилия типична для русской аристократии и дворянства XVI–XVII веков. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Марканов» значит «сын Маркана» или «из рода Маркана». В те времена фамилии на -ов чаще всего получали представители высших сословий — бояре, помещики, служилые люди. Простой люд мог оставаться без фамилии ещё долго, поэтому высока вероятность, что основатель рода Маркановых был человеком привилегированного положения.

Интересная деталь: в некоторых регионах России фамилия могла возникнуть независимо от имени Марк, а от прозвища Маркан, связанного с профессией или внешностью. Например, в южных говорах «маркать» означало «пачкать, марать», и прозвище Маркан могли дать маляру или человеку, который часто ходил в грязной одежде. Однако для фамилии Марканова эта версия менее вероятна: суффикс -ов в сочетании с именной основой указывает именно на патроним, а не на прозвище.

Таким образом, потомок человека по имени Маркан со временем получил фамилию Марканова. Встречается она преимущественно в центральных областях России, а также среди казачества, где тоже ценили «фамильные» суффиксы.