Фамилия Маркаева — женская форма мужской фамилии Маркаев, и её происхождение упирается в прозвище или имя Маркай. Словообразовательная модель здесь не самая частая: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Маркаев), а основа Маркай — это либо краткая форма от крестильного имени Марк, либо прозвище, связанное с диалектным словом «маркать» — пачкать, марать, оставлять следы. Второй вариант правдоподобнее, если учесть, что в русских говорах «маркай» могли называть неаккуратного человека или того, кто занимался грязной работой, например, сапожника или маляра.

Однако не стоит сбрасывать со счетов и тюркское влияние. В татарском и башкирском языках имя Маркай (Мәркәй) встречается как самостоятельное, образованное от арабского «маркаб» — возвышение, ступень. В Поволжье и на Урале фамилия Маркаев (и Маркаева) нередка именно среди татар и башкир, что подтверждается региональными переписями XIX века. Там её носили крестьяне и мещане, без привязки к дворянству.

Географически фамилия рассредоточена: есть следы в Челябинской области, Башкортостане, Татарстане, а также в казачьих станицах Оренбуржья. В центральной России она встречается реже, что указывает на восточный вектор распространения. Если ваш предок — Маркаев, то с высокой вероятностью он жил за Уралом или в Приуралье, где тюркские и русские ономастические традиции переплетались.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — МаркАева, хотя в некоторых диалектах могли говорить МАркаева, под влиянием имени Марк. Спорных версий немного: попытки возвести фамилию к польскому «marek» (марка, знак) или к немецкому «Mark» (граница) выглядят натянутыми — для таких заимствований нет ни исторических, ни фонетических оснований.