Фамилия Маркарова, вопреки распространённому мнению, не имеет прямого отношения к имени Марк. Её основа — армянское мужское имя Маркар, которое переводят как «благородный путь» или, по другой версии, «путь ариев». Фамилию образовали по русской модели: к имени отца (Маркар) добавили типичный славянский суффикс принадлежности -ов. Получилось «Маркаров» — буквально «сын Маркара», а женская форма Маркарова указывает на принадлежность к этому роду.

С точки зрения словообразования фамилия стоит на стыке двух традиций: армянской (по происхождению имени) и русской (по способу оформления фамилии). В армянской среде патронимические фамилии чаще образуются с помощью суффиксов -ян/-янц, поэтому форма на -ов здесь — результат адаптации в русскоязычной среде. Такое явление типично для юга России и Закавказья, где армянские фамилии нередко получали славянское окончание при записи в документы.

Самый известный носитель фамилии — футболист Эдуард Маркаров. Заслуженный мастер спорта СССР (1973), чемпион СССР 1973 года, двукратный обладатель Кубка СССР (1973, 1975), бронзовый призёр чемпионата мира 1966 года. Он неоднократно входил в список 33 лучших футболистов сезона и входит в символический клуб Григория Федотова с результатом 159 голов.

Несмотря на армянские корни, фамилия Маркарова стала частью общей русской фамильной системы. Её необычность в том, что она сохранила редкое имя-основу, которое почти не встречается в других фамилиях.