Фамилия Маркаданова — редкий случай, когда географический след виден почти сразу, а вот с корнем приходится разбираться по косвенным данным. Носители фамилии исторически сосредоточены в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, а также в Башкортостане. Это указывает на регион, где в XVIII–XIX веках активно формировались фамилии из тюркских и финно-угорских основ, смешанных с русской моделью.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов-а, женский вариант от Маркаданов. Мужская форма образована по стандартной патронимической схеме, но основа «Маркадан» не является каноническим русским именем. Здесь возможны два пути.

Первая и самая вероятная версия: основа восходит к тюркскому имени или прозвищу. В татарском и башкирском языках есть корень «марка» (от арабского «марка» — знак, клеймо) и суффикс «-дан» (обладающий, имеющий). «Маркадан» могло означать «имеющий метку», «меченый» — прозвище, данное по особой примете (родимое пятно, шрам) или по роду занятий (клеймовщик скота, таможенник, ставящий тамгу). В русской среде такое прозвище русифицировали, добавив фамильный суффикс.

Вторая версия, менее убедительная, но не отбрасываемая: связь с крестильным именем Марк. Если бы фамилия была Марков или Марканов — вопросов бы не было. Но вставка «-да-» нехарактерна для русской патронимии. «Маркадан» могло возникнуть как искажение от Марк Данилович (Марк-Данилов → Маркаданов) в устной речи, но это единичный случай, а не закономерность.

Суффикс -ов указывает, что фамилия закрепилась в русской среде не позднее XVII–XVIII веков. Сословно, скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия из районов активного межэтнического контакта. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет.

В написании обращает внимание ударение — оно почти всегда на третьем слоге: Маркада́нова. Это тоже типично для тюркских заимствований, усвоенных русским языком (сравните Салава́тов, Ахметзя́нов).