Фамилия Маркаукас — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована не по русской модели. Её происхождение почти наверняка литовское или жемайтское, и чтобы понять её значение, нужно смотреть не на славянские корни, а на балтийскую ономастику.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Markaukas. В литовском языке суффикс -aukas (или -auskas) — типичный уменьшительный или патронимический формант, часто встречающийся в фамилиях знати и крестьянства Великого княжества Литовского. Этот суффикс указывает на происхождение от кого-то: буквально «сын такого-то» или «происходящий от». Корень Mark- восходит к христианскому имени Марк (лит. Markas), которое в Литве было широко распространено. Таким образом, Маркаукас — это «сын Марка» или «маленький Марк».

Однако есть и вторая, более редкая версия. В литовском языке слово marka может означать «метка», «знак» или даже «пятно». В таком случае прозвище Markaukas могло закрепиться за человеком с какой-то заметной приметой — родинкой, шрамом или особым способом метить скот или имущество. Но эта версия менее вероятна: суффикс -aukas в прозвищах встречается реже, чем в патронимах.

Географически фамилия Маркаукас почти не встречается в центральной России. Её носители — потомки выходцев из Литвы или исторической Литвы (включая территории современной Беларуси и Польши). После разделов Речи Посполитой многие литовские дворяне и крестьяне переселялись вглубь Российской империи, и фамилии на -ас (Маркаукас, Бальчюнас, Казлаускас) «обрусевали» в написании, но сохраняли исходную балтийскую форму.

В отличие от типичных русских фамилий на -ов, которые указывают на принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), литовская модель на -аукас делает то же самое, но с другим суффиксом. Если бы фамилия была чисто русской, она звучала бы как Марков или Маркин. Форма Маркаукас — прямое свидетельство того, что предок носителя фамилии жил в литовском культурном и языковом ареале и носил имя Марк в его местном, балтийском варианте.