Фамилию Маркаускас вы не встретите в старых русских писцовых книгах. Она не славянская по происхождению, а литовская, точнее — жемайтийская, и указывает на то, что предки носителя жили на территории исторической Литвы или в пограничных с ней районах Беларуси, которые долгое время входили в Речь Посполитую.

Разбираем словообразовательную модель. Окончание -ас (в оригинале -as) — типичный показатель мужского рода в литовском языке, соответствующий русскому окончанию -с или -с в фамилиях. Основа «Маркаус» восходит к личному имени Маркас — литовскому варианту имени Марк. Суффикс -аус- (аус) в литовской антропонимии — это патронимический формант, указывающий на происхождение от отца. То есть Маркаускас буквально означает «сын Маркаса» или «Маркасович». Это калька с восточнославянской модели фамилий на -ов: если бы предка звали Марк, его потомки в России стали бы Марковыми, а в Литве — Маркаускасами.

В отличие от русских фамилий, которые закрепились за крестьянами в основном после отмены крепостного права, литовские фамилии с окончанием на -ас, -ис, -ус часто фиксировались у крестьян и мелкой шляхты уже в XVI–XVII веках. Имя Марк в православной и католической традиции было распространено, но не так часто, как Иван или Пётр, поэтому фамилия Маркаускас не относится к числу самых массовых. Однако в Литве она встречается стабильно, особенно в западных регионах — Жемайтии и Аукштайтии.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию пытаются связать с топонимом Маркау (например, с немецким названием села), но для литовской модели это маловероятно: патронимический суффикс -аус- слишком прозрачен, чтобы предполагать географическое происхождение. Если бы предок жил в местечке Маркау, фамилия скорее звучала бы как Маркаускис или Маркауцкис. Так что наиболее правдоподобная версия — отчество от имени Маркас.